Os decompositores (ou saprófitas) são fungos que se nutrem da matéria orgânica do corpo de organismos mortos (ou de partes que podem se destacar de um organismo, como pele, folhas e frutas que caem no solo), provocando a sua decomposição. Certos fungos, por exemplo, causam o apodrecimento de frutas ou de restos de vegetais e animais.

Os parasitas são aqueles que vivem à custa de outro ser vivo, prejudicando-o e podendo até matá-lo. Muitas doenças dos vegetais são provocadas por fungos parasitas, como aqueles que atacam as folhas do café, causando a "ferrugem do café". Nos seres humanos, podemos citar o fungo Candida albicans, que pode se instalar na boca, faringe e outros órgãos, provocando o "sapinho".

Os mutualísticos são aqueles que se associam a outros seres e ambos se beneficiam com essa associação. O líquen, por exemplo, é uma associação entre um fungo e uma alga. A alga, que tem clorofila, faz fotossíntese, produzindo alimento para ela e para o fungo. Este, por sua vez, absorve do solo água e sais minerais, que são, em parte, cedidos para a alga.